פחות מחודש לאחר שמבקר המדינה פנה לראש הממשלה ושר הפנים בבקשה כי יעצרו את המהלכים לקידום פרויקט המאגר הביומטרי, מתברר כי עד ליום 7.5.2015 המאגר הביומטרי כלל לא נרשם כמאגר מידע, כנדרש בחוק הגנת הפרטיות.

האתר Telecom News (מאת אבי וייס) פרסם את תמצית פרטי הרישום של המאגר הביומטרי – מאגר מידע רשום שמספרו 700061318 – ממנה עולה כי המאגר נרשם בפנקס מאגרי המידע (שמנהלת הרשות למשפט, טכנולוגיה ומידע במשרד המשפטים) רק בתחילת החודש, לקראת סוף תקופת הפיילוט של המאגר. רישומו המאוחר של המאגר עומד לכאורה בניגוד להוראות חוק הגנת הפרטיות, הקובעות כי "לא ינהל אדם ולא יחזיק מאגר מידע החייב ברישום... אלא אם כן התקיים אחד מאלה: (1) המאגר נרשם בפנקס...".

law.co.il מזכיר כי ניהול, החזקה או שימוש במאגר מידע שלא נרשם כדין, מהווה עבירה פלילית לפי החוק שאינה תלויה בכוונה פלילית (אחריות קפידה). העונש על העבירה הוא שנת מאסר. הנאשם הפוטנציאלי הוא בעל מאגר המידע (מדינת ישראל במקרה זה).