משטרת ישראל מרגלת אחר אזרחים שאינם חשודים בביצוע פשעים באמצעות תוכנת המעקב פגסוס של NSO - וזאת בלא צו שופט המתיר זאת ובלי הסמכה בחוק. כך חושף תחקיר כלכליסט מאת תומר גנון. החדירה למכשירי הטלפון הניידים בוצעה ללא צווי חיפוש וללא אישור וביקורת של בית משפט מחוזי, בניגוד לנדרש לפי חוק האזנת סתר.

בין השימושים שחושף תחקיר כלכליסט -  התחקות אחר אנשי המחאה נגד ראש הממשלה דאז, בנימין נתניהו; ניסיונות לדוג מידע מטלפונים ניידים של יעדים מודיעיניים בלי לדעת מראש שבהכרח ביצעו עבירה. החדרת פגסוס לטלפון נייד של מקורב לפוליטיקאי בכיר, כדי לנסות למצוא ראיות בחקירת שחיתות ועוד. במקרה אחר מגלה הפרסום שהתוכנה החודרה לטלפון כדי לחפש ראיות לשוחד בטלפון נייד של ראש עיר מכהן עוד בשלב החקירה הסמויה. באמצעות התוכנה אותרו אמנם ראיות שהולבנו בהמשך כמידע מודיעיני, ואז נפתחה חקירה גלויה שבמסגרתה הראיות שהיו ידועות כבר למשטרה נתפסו כחוק בצו חיפוש וחדירה לנייד שהתקבל מבית משפט.

התוכנה של NSO נרכשה לראשונה על ידי המשטרה בדצמבר 2013, בתקופת המפכ"ל יוחנן דנינו, ונהפכה מבצעית בתקופת המפכ"ל שאחריו, רוני אלשיך. פגסוס מופעלת על-ידי יחידת הסיגינט (מודיעין אותות) במשטרת ישראל. שרשרת הפיקוד, שיודעת על זהות היעדים ומעבירה את ההנחיה לצוות לעקוב אחריהם, כוללת מספר מצומצם מאוד של קצינים בכירים במטרה לשמור על מידור.

תגובת המשטרה לתחקיר: "אין שחר לטענות העולות בכתבה. כל פעילות המשטרה בתחום זה הינה על פי דין, על בסיס צווי בית משפט ונהלי עבודה מוקפדים".