ההיקף המצומצם של תחולת תקנות הסמכת השב"כ, נתוני היעילות שהוצגו בפני בג"ץ וגם שינוי המסוים במתכונת הפעלת כלי השב"כ בהשוואה לגלגוליו הקודמים בכך ש"חלק מסוים מהבדיקות נעשה באופן שונה [...] תוך מעורבות מרכיב של בדיקה אנושית".

אלה בין הסיבות שמנה בג"ץ כשהחליט הבוקר לדחות את עתירת האגודה לזכויות האזרח, עדאלה, רופאים לזכויות אדם ופרטיות ישראל נגד התקנות לשעת חירום שהסמיכו את שירות הביטחון להתחקות אחר נדבקי זן האומיקרון של קורונה. בית המשפט העיר שדרך המלך לחידוש הסמכת השב"כ היא בחקיקה ראשית וביטא את ציפיתו כי תהליך החקיקה ייארך "פרק זמן קצר הנמדד בימים". תקנות שעת חירום (הסמכת שירות הביטחון הכללי לסייע במאמץ הלאומי לצמצום התפשטות זן אומיקרון omicron של נגיף הקורונה החדש), התשפ"ב-2021 אמורות לפקוע היום.

המשנה לנשיאת בית המשפט העליון, השופט ניל הנדל, שכתב את פסק הדין בהסכמת השופטים קרא וגרוסקופף, הכיר בכך שהתקנות מעוררות חששות מפני שימוש לרעה או בלתי מוצדק בטכנולוגיות מצד המדינה אשר ישחק את ההגנה על הזכות לפרטיות. "כאן יש להיזהר מפני המדרון החלקלק שגם מדינות דמוקרטיות עשויות ליפול בו כאשר יותר למדינה לעשות שימוש בכוח זה, ואפילו יהא זה לצורך קידום הגשמתן של מטרות ראויות", ציטט השופט מפסק דינו בעבר.

עם זה מצא כי בניגוד להסדרים הקודמים, תקנות הסמכת השב"כ "תפורות" למידותיו של הווריאנט החדש; הן נוצרו לצורך המאבק בו, ועל רקע התשתית העובדתית העדכנית ביותר שבנמצא – והן מקנות לשירות סמכות מוגבלת, החלה רק ביחס לחולים שיש חשד גבוה להניח שהם נושאים את הזן החדש. עניין המצמצם עוד יותר את פגיעתן של התקנות בזכות לפרטיות.

בית המשפט דחה את הטענה שהשימוש בתקנות לשעת חירום מפר את שני פסק-הדין שניתנו בסוגיית איכוני השב"כ בעבר. עניין האיכונים הראשון עסק בחוקיות הסמכת הארגון לפי סעיף 7(ב)(6) לחוק שירות הביטחון הכללי, ואין בו כל קביעה לגבי האפשרות של התקנת תקנות שעת חירום. פסק הדין השני נשען על נתונים עובדתיים שונים באשר לסיכון הנשקף מן המחלה, החלופות לשימוש בכלי השב"כ, ויעילות הכלי. "מטבע הדברים", קבע, "התמונה שיצרה הופעת האומיקרון שונה לחלוטין מזו שעמדה לפני בית המשפט באותה עת: מדובר בווריאנט חדש, שבשלב זה קיים חשד שביכולתו לעקוף, במידה כזו או אחרת, את ההגנה החיסונית". עוד דחה את הטענה שהיה על הממשלה לפעול בדרך של חקיקה ראשית, מפני שהכנת דבר חקיקה והשלמת הליכי החקיקה אורכים אף הם זמן: " דומה כי התקנת תקנות שעת חירום לתקופה בת 5 ימים – תוך קידום במקביל של חקיקה ראשית – אינה מעוררת קושי יוצא דופן" [בג"ץ 8196/21 האגודה לזכויות האזרח בישראל ואח' נ' הממשלה ואח'].