במסגרת חקירה אפידמיולוגית אין לאסוף מידע מאפליקציית המגן או מהיסטוריית המיקומים באפליקציות נוספות המותקנות במכשירו של המתוחקר, אלא בהסכמתו. כך מבהירה הרשות להגנת הפרטיות במסמך "דגשים להגנה על פרטיות במסגרת חקירות אפידמיולוגיות לקטיעת שרשרת ההדבקה של נגיף הקורונה". המסמך שפורסם היום מבהיר לחוקרים ולמתשאלים אפידמיולוגים כיצד עליהם לנהוג במידע האישי של המתוחקרים, ולמתוחקרים מבהיר את זכויותיהם.

במסגרת חקירה אפידמיולוגיות נחשף, נאסף ומועבר מידע אישי ורגיש על אודות מתוחקרים, לרבות פרטים דמוגרפיים, רפואיים, וכן מידע בדבר זהות האנשים איתם הם באו במגע. מידע זה עשוי לזלוג, להיחשף וכן להיות מוצלב עם פרטי מידע אחרים, באופן העלול להביא לפגיעה קשה בפרטיותם של מתוחקרים ואנשים אשר היו עימם בקשר. מסיבה זו הרשות פרסמה את המלצותיה בעניין זה, שזו תמציתן -

• ביצוע החקירה יתבצע רק על ידי רופא או אחות המוסמכים לכך על פי חוק. גורמים המסייעים להם נדרשים גם הם לעבור הכשרה של משרד הבריאות ולחתום על מסמכי סודיות מתאימים. כשהחקירה נערכת על ידי מתשאל באופן עצמאי, אין למתשאל סמכות לחייב את המתוחקר למסור מידע אישי. מסירת מידע בהקשר זה יכולה להיעשות אך ורק בהסכמת המטופל. 

• נאסר לאסוף מידע שאינו רלוונטי למטרה של איתור מגעים וקטיעת שרשרת ההדבקה, ואין לעשות שימוש במידע למטרה שאינה מטרה זו. כפועל יוצא, הרשות מבהירה כי בביצוע חקירה אפידמיולוגית פנים-ארגונית (למשל במקום העבודה), יש לאסוף מידע אך ורק ביחס למגעים של המתוחקר עם עובדים אחרים באותו ארגון.

• בחקירה פנים ארגונית, יש להשתמש בחומר ממצלמות אבטחה במשורה ורק במצבים שבהם שימוש שכזה מחויב לצורך שמירת הרציפות התפקודית של הארגון. את ציבור העובדים יש ליידע מראש כי המצלמות תשמשנה גם למטרה זו. 

• מידע שנאסף במסגרת חקירות אפידמיולוגיות יישמר במערכות המידע של משרד הבריאות בלבד ואין להעבירו או לשמור אותו במערכות מידע של חברות פרטיות או למכשיר האישי של החוקר. מערכות המידע של משרד הבריאות יעמדו בהוראות תקנות הגנת הפרטיות (אבטחת מידע) התשע"ז 2017, וברמת אבטחה בינונית לפחות. למתוחקרים עומדת הזכות לעיין או למחוק מידע שנשמר במאגרים במסגרת החקירה. 

• אדם שנחשף למידע על אודות אדם אחר כתוצאה מפעילותו במערך של חקירות אפידמיולוגיות ישמרנו בסוד ולא יגלה את האמור בו לאדם אחר, אלא לצורך מטרה של קטיעת שרשרת ההדבקה, ובהתאם להנחיות משרד הבריאות. מומלץ כי המידע יימחק ממאגרי המידע עם סיום השימוש או אלא אם יש נסיבות המצביעות על הצדקה ראויה להמשיך ולשמור אותו. במקרה כזה, מומלץ לבחון האם ניתן לשמור את המידע באופן אנונימי.