משרד התחבורה הגיש לבית המשפט השלום לתעבורה בתל-אביב כתב אישום נגד חברת ההסעות Uber, מנהלה וכן 6 נהגי רכב פרטיים. הם מואשמים באי-קיום חובת רישיון עיסוק, אי-קיום חובת רישיון הפעלה והסעת נוסעים בשכר. כתב האישום הוגש על-ידי יחידת התביעות הארצית של המשרד, לאחר חקירה סמויה של מספר חודשים. במסגרת החקירה חוקרי המשרד התחזו לנוסעים וביצעו נסיעות בכלי רכב כנגד תשלום. בכתב האישום נטען כי אובר גייסה נהגי רכב פרטיים לצורך הפעלת שירות הסעות פרטיות, ללא רישיון הסעה, תוך שהיא גובה עמלה בשיעור 25% מעלות כל נסיעה. הזמנת הנסיעות התבצעה באמצעות האפליקצייה של החברה. מקור: משרד התחבורה והבטיחות בדרכים.
לפני למעלה מחודשיים דווח כי המשרד בוחן את האפשרות להעמיד לדין פלילי את ראשי Uber בישראל ואף כי זימן לחקירה את מנכ"ל החברה בארץ. המחלוקת בין הצדדים נוגעת לשירות Uber Night שהחלה אפליקציית ההסעות להציע בישראל לפני מספר חודשים. השירות מאפשר לבעלי מכוניות פרטיות שנרשמו אליו להסיע נוסעים בשעות הלילה (בשעות בהן אין תנועת אוטובוסים ורכבות), כאשר הסכום שמשלם הנוסע לנהג מוגדר כ"השתתפות בהוצאות הנסיעה". משרד התחבורה הביע אז את עמדתו כי השירות מפר את תקנה 84 לתקנות התעבורה, לפיה "לא יסיע אדם ולא ירשה לאחר להסיע נוסעים בשכר או בתמורה אחרת".
התקנות כאמור אוסרות על נהג פרטי לגבות תשלום על הסעת נוסעים, אך אינן מונעות השתתפות של נוסעים בעלויות הדלק והבלאי של הרכב. אובר גובה מהנהג עמלה של 25% מהמחיר שגבה מהנוסע, המועבר אליו באמצעות האפליקציה. בנוסף, יידע משרד התחבורה את רשות המסים ביחס לחקירה, על בסיס ההנחה כי הנהגים הרשומים לשירות אינם מדווחים על הכנסותיהם ממנו. כמו כן, נבחן גם אירוע של תאונת דרכים שבה היה מעורב אחד מנהגי אובר ובפרט ההיבטים הביטוחיים של תאונה זו. לפי תקנונה של אובר, הנהגים אינם יכולים להרוויח מהסעת הנוסעים, אלא רק להפחית את הוצאות הנסיעה.
השירות דומה לשירותים אחרים של תחבורה שיתופית הפועלים בישראל, כגון השירותים שמציעות Waze ומוביט, שגם הן נחקרו על-ידי המשרד. משרד התחבורה סבר כי גם שירותים אלה פועלים בתחום אפור, אך הבדיל אותם מהשירות של אובר בכך ששירותים אלה מחברים בין אנשים שנוסעים בכל מקרה לאותו הכיוון, בעוד שבשירות של אובר הנהג מקבל קריאה ממוקד ויוצא לאסוף את הנוסע. עם היוודע הזימון לחקירה אובר מסרה בתגובה כי השירות מצוי בתקופת פיילוט ונבנה בהתאם לרגולציה, בדומה לאפליקציות נוספות הפועלות בישראל למטרת החזר הוצאות.