מבקר המדינה פנה לראש הממשלה נתניהו ולשר הפנים המכהן ארדן בבקשה כי יעצרו את המהלכים לקידום פרויקט המאגר הביומטרי, על רקע ליקויים חמורים שנמצאו בביקורת שערך משרד המבקר. הדו"ח שחיבר המבקר טרם פורסם בפומבי, שכן הפרסום טעון אישור הוועדה לביקורת המדינה בכנסת. המבקר כבר פנה לועדה על מנת להסדיר את פרסום הדו"ח.

ח"כ תמר זנדברג הביעה שביעות רצון מפעילות המבקר והוסיפה כי "אי אפשר שלא לתהות אם נסיון המחטף של גלעד ארדן, רגע לפני שהוא מסיים את תפקידו כשר פנים, קשור לעובדה שהוא יודע שיש דו"ח מבקר שלא יאפשר קידום חקיקה בתחום." גם התנועה לזכויות דיגיטליות שפועלת נגד קידום פרויקט המאגר הביומטרי הביעה תמיכה בממצאי המבקר. לדברי התנועה "דרישתו החריגה של מבקר המדינה עולה בקנה אחד עם אמירותיהם המפורשות של היועץ המשפטי לוועדה לענייני החוק הביומטרי בכנסת, מרכז המחקר של הכנסת, מדענים ומומחי אבטחת מידע: המאגר הביומטרי מסוכן, לא נחוץ, לא מאובטח כראוי והפרויקט להקמתו רצוף בכשלים ומחדלים המעצימים את הסכנות הנשקפות ממנו עשרות מונים".

מנגד, הרשות לניהול המאגר הביומטרי הביעה תמיהה על דו"ח המבקר, משום שלדבריה תוקנו הליקויים עליהם המבקר הצביע בביקורת שערך בזמן אמת בתקופת הרצת הפיילוט. מקור: כלכליסט (מאת: עומר כביר).