דו"ח של מבקר המדינה מותח ביקורת חריפה על כשלונו של משרד המשפטים - וביתר דיוק, מחלקת ייעוץ וחקיקה  - לקדם את ביטול חובת הרישום של מאגרי מידע בחוק הגנת הפרטיות. הדו"ח מצביע על נסיונות חוזרים ונשנים מצד הרשות למשפט, טכנולוגיה ומידע (רמו"ט) לבטל את חובת הרישום, המחייבת אותה להקדיש משאבים לרישום שאינו מקדם את ההגנה על הפרטיות בישראל, לבלי הועיל.

"ההגנה על הפרטיות שבמאגרי המידע הקיימים בישראל לוקה בחסר". כך קובע מבקר המדינה, השופט (בדימוס) יוסף שפירא, בדו"ח הביקורת השנתי (64ג) שהניח היום על שולחן הכנסת. הדו"ח השנתי כולל פרק העוסק ברישום מאגרי מידע בישראל. בין היתר, בדק המבקר את היקף רישום מאגרי המידע, תהליך הרישום ומשמעותו, פעולות שנעשו לצמצום חובת הרישום (הקבועה בחוק הגנת הפרטיות) והמרתה בחובת ניהול תקין ועוד. להלן עיקר ממצאי הדו"ח - 

• חרף החובות שמטיל חוק הגנת הפרטיות לרישום מאגרי מידע, רק שיעור זניח מכלל מאגרי המידע בישראל החייבים רישום, אכן רשומים. תופעה זו קיימת החל מחקיקת החוק (1981) והיא הולכת ומחריפה עם ההתפתחות הטכנולוגית, שהביאה להגדלת מאגרי המידע הקיימים בשיעור ניכר;
• בתהליך רישום מאגרי המידע, לא מבוצעת לרוב בחינה על עמידת המאגר בחובות המהותיות הקבועות בחוק, כגון אבטחת מידע. אישור רישום המאגר הוא במידה רבה אישור לעצם הרישום בפנקס מאגרי המידע ולא לעמידה בדרישותיו המהותיות של החוק או לנכונות המידע הכלול בפנקס - ולפיכך עשוי להטעות את הציבור;
• כבר בשנת 2007 המליצה ועדה בראשות המשנה ליועץ המשפטי לממשלה לצמצם את חובת רישום מאגרי המידע. הליכי החקיקה בעניין מתנהלים בעצלתיים ולמעשה במדינת ישראל קיים כיום משטר שהרגולטורים עצמם סבורים כי בחלקו אינו רלבנטי למציאות הטכנולוגית הקיימת ובחלקו אינו מספק הגנה טובה דיו;
• הואיל ואי-רישום מאגר מידע (החייב ברישום) הוא עבירה פלילית, הרי שההשתהות בהליך החקיקה מביא לתוצאה לפיה אנשים פרטיים, תאגידים וכן גופים ציבוריים שלא רשמו מאגרי מידע החייבים ברישום - הם לכאורה בחזקת עבריינים;
• חרף ההסכמה שהתועלת שברישום מועטה, ממשיכה הרשות למשפט, טכנולוגיה ומידע במשרד המשפטים (רמו"ט) להשקיע משאבים רבים לטיפול ברישום הקבוע בחוק ובכך נגרעים משאבים מפעולות הפיקוח שמבצעת רמו"ט על קיום הוראות החוק המהותיות.
• היקף רישום מאגרי המידע בישראל מזערי ולכן אין משולמות אגרות רישום ואגרות שנתיות בגין הרוב המוחלט של מאגרי המידע החייבים בתשלום לפי החוק.גם עבור חלק ממאגרי המידע הרשומים לא משולמת אגרה שנתית. מציאות זו גורמת לחוסר שוויון בין בעלי מאגרי המידע שפעלו כדין לבין בעלי מאגרי מידע שלא נרשמו או לא שילמו אגרות שנתיות. 

לסיכום, קובע המבקר כי המציאות המתוארת בדוח הביקורת גורמת לכך שההגנה על על הפרטיות שבמאגרי המידע הקיימים בישראל לוקה בחסר. לפיכך ולאור חובתה של המדינה לפעול להגשמת הזכות החוקתית לפרטיות, קובע מבקר המדינה כי על הגורמים הרלבנטיים במשרד המשפטים לפעול ללא דיחוי נוסף לביצוע הפעולות הנדרשות לקידום התיקון בחוק הגנת הפרטיות בנושא רישום מאגרי מידע, באופן שיינתן מענה ראוי לזכות חוקתית חשובה זו.