בית המשפט המחוזי בתל-אביב גזר על נאשמי "הסוס הטרויאני" רות האפרתי, ארבע שנות מאסר ועל בעלה, שפיתח את התוכנה, מיכאל האפרתי, שנתיים מאסר בפועל. בנוסף, השית עליהם קנס בסכום של מיליון ש"ח שיחולק בין קורבנותיהם (ת.פ. 40061/06 מדינת ישראל נ' רות ומיכאל האפרתי). בכך אימץ בית המשפט את עסקת הטעון בתיק, לאחר שהנאשמים הורשעו לפי הודאתם בשורה של עבירות ובהן חדירה שלא כדין לחומר מחשב ועריכת נגיף מחשב והעברתו. בית המשפט הכיר בכך ש"הפסיקה שקבעה, ככלל, סטנדרטים נמוכים למדי בענישת עברייני מחשב ובעבירות נילוות אל אלה, וזאת, מבלי כל פרופוציה למלל התקיף שליווה את מרבית הדיונים בגזרי הדין הרלוונטיים". עוד קבע כי "הפגיעה שפגעו... הנאשמים דנן בקרבנותיהם, היא, לא רק פגיעה בהם ובפרטיותם, אלא, גם פגיעה חובקת זרועות עולם, המופנית כלפי הציבור בכללותו, בהציבה למולו איום מתמיד של פריצה לכל הסודות והמידע האצורים במחשביו, שמחסומיהם הוסרו". גזר הדין מצא כי "במשך חודשים, כך הובהר, פעלו הנאשמים במחשביהם של גורמים מרכזיים במשק, מבלי שאלה הבחינו כלל בנעשה בתוך ביתם שלהם, למרות ועל אף כל אמצעי המיגון ודרכי הבטחת המידע שעמדו לרשותם. מצב הדברים המתואר, מחייב, מטבע הדברים, נקיטה בכל האמצעים, לצורך מיגורה של התופעה, כולל, ענישה משמעותית ומרתיעה על מבצעיה. בנסיבות אלה, אך מובן מאליו הוא, שאילולא הסדר הטיעון שקשרו הנאשמים עם התביעה, היו צפוים הם לעונשים כבדים מאד, אשר אמורים היו לעמוד על שנות מאסר ארוכות".