המשטרה חדרה לשרתי מחשב בארה"ב במסגרת חקירת פרשת 'הסוס הטרויאני', למרות שהונחתה חודש קודם לכן על-ידי הפרקליטות שלא לעשות כן. כך מדווח גלובס (דורש הרשמה) בא-כוח אחד הנאשמים, עו"ד יעקב סודרי, הגיש תלונה ל-FBI בנימוק של עבירה לכאורה על החוק הפדראלי האמריקני, האוסר חדירה למאגרי מידע ללא צו משופט. ב-20 בינואר הנחתה הפרקליטות את צוות החקירה לקבל צווים מתאימים לצורך חדירה לשרתי המחשב שאליהם זרם, על-פי החשדות באותה עת, המידע העסקי מהמחשבים שבהם הושתל הסוס. אלא שב-23 בפברואר 2005 הסתבר לפרקליטות, כי חוקרי המשטרה חודרים לשרתים כאלו בארה"ב, שהיו בשימושם של מעורבים בפרשה. יום לאחר מכן, ב- 24 בפברואר 2005, הנחה היועץ המשפטי לממשלה, עו"ד מני מזוז, את המשטרה לחדול מכך לאלתר. פרקליטות המדינה פנתה בדחיפות בבקשה לעזרה משפטית לרשויות בארה"ב תוך עדכונן. זוהי תקלה שניה הנחשפת בשבוע האחרון באופן שבו חקרה המשטרה את הפרשה - ונראה כי חילופי האשמות פומביים בין הפרקליטות לבין המשטרה ביחס לאופן שבו נחקרה הפרשה המתוקשרת, הם רק שאלה של זמן.